當嬰兒出生後，首次被授以母乳時，乳酸就開始在腸內生長繁殖。母乳中含有免疫球蛋白及比菲德氏菌，可幫助嬰兒維持健康。到了2-4歲左右，腸內菌叢就大致和成人相同，乳酸菌和其化細菌會形成一定比例的平衡。

一個健康的人，其腸內菌叢維持安定平衡的狀態；但是因生活壓力、喝酒應酬、生活不規律、生病吃藥或飲食上變化，而造成腸內菌叢的改變，有益菌漸漸減少。因此，人體若要維持健康，腸道中必須保有大量的乳酸菌。若體內的乳酸菌減少或消失，就是身體異常狀態的警訊。

乳酸菌是革蘭氏陽性桿菌，種類繁多，其中對人體較具有意義的為乳酸桿菌及比菲德氏菌。這些有些有益菌叢在腸道內產生的作用，能讓胃腸保持最佳狀況。

增進食物的營養價值
乳酸菌能使我們攝取的食物醱酵，幫助消化，促進營養吸收。
國人有許多「乳糖不耐症」患者，喝牛乳會腹瀉，這是因為體內缺乏乳酵素來分解特乳中的乳糖。牛乳中加入乳酸菌後，乳糖被分解成乳酸，即使不適合喝牛乳的人也不會腹瀉了。

促進生素合成
腸道中的乳酸菌能合成人體需要的維生素，例如：B12、生物素與維生素K等。

抑制病原菌的生長繁殖
病原菌容易在鹼性環境下生長，而腸道中的乳酸菌，會醱酵產生乳酸和醋酸，降低腸道的酸鹼值，有效抑制病原菌的繁殖，去除腸內的異常醱酵，防止腸道傳染病的發生。

降低血清中的膽固醇
乳酸菌能夠在消化道內凝集膽固醇，減少膽固醇被吸收，因此，可以降低血清中的膽固醇。

強化腸道免疫功能
乳酸菌能促進腸道巨噬細胞的作用，增強局部免疫功能，保護腸粘膜。